민노당의 反헌법적, 反국가적 정체성을 반영하여 민노당원들은 간첩 등 공안사건에 여러 번 연루되었다.

△일명 386 간첩단 사건으로 알려진 「일심회」 사건에는 민노당 서울시 대의원 이정훈(43), 민노당 사무부국장 최기영(39) 및 당 창당 시부터 관여해 온 손정목(42)등이 구속되어 실형을 선고받았다. 수사결과에 따르면, 일심회 내에서 손정목과 최기영은 민노당 중앙당을 담당했고, 이정훈은 민노당 서울지역을 담당했다.

△2006년 12월21일에는 최규엽(52) 민노당 집권전략위원장이 국보법 위반 혐의로 1심에 이어 2심에서도 유죄판결을 받았다. 이날 법원은 2001년 방북 당시 평양의 조국통일3대헌장 기념탑에서 열린 행사에 참가한 崔씨에게 징역 6월, 집행유예 2년을 선고했다. 조국통일3대헌장 기념탑이란 「고려연방제」 등 金日成이 제안한 소위 조국통일 3대헌장을 기념하는 조형물이다.

△2006년 11월2일에는 민노당 대의원 박종기(42)가 2003년 북한에 몰래 들어가 국내 군사정보를 북한 對南공작부서에 알려준 혐의로 체포됐다. 그는 귀환 후 金日成을 찬양하고 反美를 선동하는 글을 사이버 상에 유포하면서, 북한에 사업계획서를 보내는 등 反국가 활동을 계속한 혐의를 받았다.

△2004년 4월에는 민노당 고문 강태운(당시 72)이 간첩 혐의로 징역 6년형을 선고받았다. 姜씨는 99년 2월부터 베이징(北京)·도쿄(東京) 등 제3국에서 조총련 조직원 朴모, 북한 공작원 金모 등과 만나 민노당 관련 자료 등 정보를 제공한 뒤, 북한으로부터 지령을 수수하고, 공작금을 받아온 혐의로 구속됐었다. 그는 2005년 8월, 70세 이상 고령자라는 이유로 刑집행이 면제됐다.

북한정권은, 對南선전기구인 반제민전(舊한민전)을 통하여 2004년과 2000년 총선 당시 『민노당 후보들을 반드시 국회에 진출시켜라(2004총선투쟁지침 中)』고 지령하기도 했다.