1992년 IAEA에 신고된 핵관련 시설 외에 미확인된 핵관련 시설이 북한 전역에 산재해 있는 것으로 알려져 있다. 예를 들면 평안남도 평원에 있는 핵기폭장치 시험장, 함경남도 김책에 있는 지하 원자력연구소, 평안북도 지하 핵연구시설, 평안남도 개천의 지하 핵연구시설, 함경북도 화성의 핵실험시설, 평안북도 대관의 핵저장고 등이다.
이들 미확인 핵관련 시설 외에 美 국방정보국(DIA)은 1998년 북한의 거대한 비밀 지하 시설을 탐지했다. DIA는 이 시설이 핵무기 개발을 재개하기 위한 가장 중요한 대상물이라고 분석했다. 전문가들은 금창리 지하 핵시설이 비밀리에 중장거리 미사일을 개발하고 여기에 핵탄두를 장착하기 위한 핵시설로 보았다.
미국의 정책 연구기관인 과학국제안보연구소(ISIS)는 2016년 7월21일(현지시간) 금창리 방현공군기지 내 항공기제작소에서 소규모 우라늄 농축시설로 의심되는 장소를 찾아냈다고 밝혔다. 소련제 전투기 미그기를 재조립하기 위해 1960년대부터 운영된 방현공군기지 항공기제작소는 영변 핵시설에서 45㎞ 떨어져 있다. 북한은 그동안 영변에만 핵시설이 존재한다고 주장해왔다. 따라서 이곳에 핵시설이 있는 게 맞다면 북한은 영변 이외의 장소에서 별도로 우라늄을 농축했고, 확보한 농축우라늄도 그동안 알려진 것보다 많을 가능성이 높다.
