환경운동연합의 주요 사업 중 하나는 군(軍)에 대한 압박이었다. 『환경오염』을 이유로 한 군부대 건설(建設) 및 이전(移轉)반대, 소위 양심적 병역거부 선동 등 이슈는 다양했다.

군부대 건설 및 이전 반대는 전국적으로 집요하게 제기됐다. 군(軍)을 환경오염 주범인 양 몰아가는 분위기 속에서「사기(士氣)」가 생길 리 없었다. 결과적으로 이런 활동은 군 전력 약화의 원인으로 작용했다.

이천·여주환경운동연합 및 이천 지역 시민단체 들은 2001년 7월「여주군 공군사격장 이전대책위원회」를 만들어, 같은 달 4일 여주 군민회관 앞에서 대규모 집회를 열었다. 이들은 『능서면 백석리 35만여 평에 들어선 공군 사격장 때문에 40여 년 동안 각종 소음과 인명피해를 당해왔다』며 기지 폐쇄를 주장했다.

성남환경운동연합 등 16개 단체로 구성된 「성남사회단체연대회의」는 육군도하부대와 국군정보사령부를 성남시 청계산으로 옮기는 문제를 집요하게 반대해왔다.

이유는 「환경파괴와 교통체증」이었다. 예컨대 성남환경운동연합 등은 2003년 6월 성명을 통해 『군부대 이전으로 대규모 벌목이 이뤄지면 수도권의 허파 청계산의 생태계가 파괴되고 인근 지역이 황폐한 공해도시가 될 것』이라며 국방부의 계획중단을 요구했다.

중앙의 환경연합은 국방부가 강원도 인제군의 종합훈련장 건설계획을 확정발표하자, 2004년 1월5일 『인제군 종합훈련장 터는 설악·오대산과 가까울 뿐 아니라 극상림과 다양한 생물종이 보존되고 있는 곳』이라며 『건설계획 백지화와 함께 그 지역을 생태계 보전지역으로 지정하라』고 주장했다.

제주환경운동연합은 2005년 3월26일 성명서를 통해 해군본부의 화순항 해군기지 재추진 계획 철회를 요구했다. 이 단체는『제주도민의 분명한 반대에도 불구하고 해군본부는 국회의원들을 상대로 은밀한 물밑작업을 해오고 있다』며 『해군기지 결사반대를 통해 제주 도민의 생존권을 지켜나갈 것』이라고 밝혔다.

환경운동연합은 군(軍)부대 골프장까지 문제 삼았다.

대전환경운동연합은 2002년 4월30일 성명에서『육군본부가 계룡대 골프장 운영으로 막대한 경영수익을 얻어 이 돈으로 새로운 골프장을 건립하는 것은 군장교의 복지를 빌미로 국토파괴의 악순환을 되풀이하는 처사』라며 군 당국의 골프장 건립계획 중단을 촉구했다.

2002년 9월에는『평화, 인권, 진보를 위해 병역거부를 선언한다』며 나 모씨 등 15명이집단적 병역거부 선언을 했었다. 당시 환경운동연합은 집단적 병역거부를 지지하며 만들어진 소위 「양심에 따른 병역거부권 실현과 대체복무제도 개선을 위한 연대회의」에 참가해, 나 모씨 등을 지원했다.