좌파인사 문정현 신부의 집요한 주한미군철수 주장은 국가보안법 폐지, 6.15선언의 연합·연방제 통일 선동으로 이어진다.

예컨대 문신부는 2002년 6월16일 종묘공원에서 열린 「6.15공동선언 고수이행, 한반도 평화실현을 위한 범국민대회」에서 『6.15공동선언은 후퇴할수 없는 선언』이라며 『공동선언 이행은 지금부터 시작이다』고 참가자들을 독려했다.

그는 2004년 9월16일 소위 「원로 71명 국가보안법 폐지 기자회견」에 이어 같은 해 12월27일 국회 앞 4대 종단 종교인들의 국가보안법의 연내 폐지를 촉구 기자회견에서 『예수쟁이가 어찌 국가보안법을 살려내라 할 수 있는가, 국가보안법을 찬성하는 종교인들을 보면 꼭 마귀를 보는 것 같다』며 국가보안법 존치를 주장하는 종교인들을 규탄했다.

정권교체 후인 2008년 11월30일 서울 보신각 앞에서 열린 국가보안법 폐지대회에서도 『국가보안법을 지키자는 사람들은 자신들의 안보를 지키려고 하는 자들이다. 공안을 담당하는 사람들이 국가보안법이 없어지면 구조조정 당할까 두려워하고, 자신들의 밥벌이, 기득권을 지키기 위한 법이다』라고 폐지를 주장했다.

文신부는 국보법폐지와 같은 맥락에서 2002년 7월18일 「한총련 합법적 활동 보장을 위한 종교인 1천인 선언」, 2002년 7월19일 「10기 한총련 의장 석방, 한총련 이적규정 철회·합법화를 위한 민주사회단체 지도자 1000인 선언」 등 이적단체 한총련 합법화도 주장했다.