참여연대는 대표적인 從北단체 한국진보연대(이하 진보연대)와 함께 2008년 미국산 쇠고기 수입반대 촛불집회를 주도했다. 촛불집회를 주도했던 ‘광우병국민대책회의’ 역시 진보연대와 참여연대가 실무진을 구성했고, 사무실 자체가 참여연대 1층에 있었다. 광우병국민대책회의가 주도한 촛불집회는 5월 중순 이후 폭동으로 전개됐고 이 과정에서 500명 넘는 경찰들이 다쳤었다.

진보연대 간부와 함께 광우병국민대책회 실무책임자인 共同상황실장을 맡았던 인물은 박원석 참여연대 협동사무처장이었다. 그는 2008년 5월24일 촛불시위 무대에서 “오늘 우리 시민들이 촛불을 들고 청와대로 간다. 여러분도 이 움직임에 동참해줄 수 있느냐”고 선동했다. 이 날 이후 시위대는 광화문 우체국 앞 차도를 점거하는 난동으로 전환됐다.

朴씨는 이후에도 “이제 국민들은 이명박 정부를 용서할 수 없다(···)미국 대통령과 친구를 만들었을지는 몰라도 국민은 敵(적)으로 돌렸다. 국민과 돌이킬 수 없는 불화의 길로 돌아섰다(같은 해 6월26일 촛불집회)”는 등 촛불선동의 전면에 나섰다. 그는 이후 경찰의 수배자 명단에 올랐고 이후 조계사에서 농성을 지속했고 2008년 11월6일 강원도 동해시 인근 모텔에서 경찰에 검거됐다(朴씨는 2009년 4월17일 보석으로 풀려났다).

참여연대는 2008년 9월 이후 촛불시위가 진정국면에 들어서자 ‘촛불 再점화’를 위해 동분서주했다. 같은 해 9월2일. 참여연대는 자신들의 사무실인 느티나무 홀에서 소위 “미국산 쇠고기 유통 저지 및 불매운동에 역점을 두고 전국적인 활동을 전개하겠다”며 “광우병 안전지대 국민네트워크(국민네트워크)”를 발족시켰다. 여기는 진보연대·녹색연합 등 25개 단체들이 참가했다.

참여연대·진보연대 등 단체들은 같은 해 9월11일 서울 조계사 앞 공원에서 이른바 “촛불 시즌2”를 시작한다며 “촛불수행 대동한마당”을 열었고 같은 달 25일 여의도 공원에서 “1% 강부자 정권에 맞서는 99% 국민희망 만들기”라는 주제로 소위 “민주주의 페스티벌”을 열었다.

참여연대·진보연대 등 단체들은 같은 해 10월15일 청계광장에서 소위 “민주주의가 후퇴하고 있다”며 가칭 “민주수호, 촛불탄압 저지를 위한 비상 국민행동”을 발족시켰다. 이들은 “힘을 모아 역사를 거꾸로 돌리려는 이명박 정부의 공안탄압에 맞서려 한다”며 “촛불을 지켜내고 민주주의를 수호하기 위해, 권력자와 시민 중 누가 우리 사회의 진정한 주인인가를 가려내기 위해, 우리들은 어깨 걸고 부당한 공안탄압에 저항해 나갈 것”이라고 주장했다.