생물무기(세균무기)의 경우 일단 사용하면 확산에 대한 통제가 어렵고 사용한 측도 피해를 입을 수 있다는 단점 때문에 핵이나 화학무기에 비해 그 중요성이 떨어졌다. 그러나 과학기술의 발달로 무기로서의 유용성이 증가하는 추세이다.

북한은 1960년대 초부터 공격적 생물전 프로그램을 시작했으며 현재 미국·인도·이라크·러시아·유고슬라비아 등과 함께 세균무기를 보유하고 있다. 북한은 함남, 흥남 등 6곳에 위치한 대학, 의학연구소, 특별 연구소 등지에서 생물무기 연구시설을 두고 있으며, 주로 악성 탄저균, 콜레라균, 腺 페스트균 등을 연구하고 있다.

이들 생물무기의 생산은 평북 정주, 서해상의 한 섬, 강원 문천 등 3곳에서 이루어지고 있다. 생물무기 가운데 세균무기로 규정된 바이러스는 24종류가 존재하는데, 북한의 경우 콜레라, 탄저균, 페스트, 박테리아, 바이러스, 리켓차, 섹시톡신, 유행성 출혈열, 장티푸스, 이질, 발진티푸스, 결핵 등 13종을 보유하고 있다.

이헌경 통일연구원 연구원은 2001년 발간한 <북한의 대량살상무기 실태와 미국의 대응: 전략과 시뮬레이션>에서 다수의 국내외 안보자료를 인용해 북한의 생물무기 실태와 그 위험성에 대해 아래와 같이 분석했다.

<북한은 결정한다면 몇 주일 안에 충분한 양의 세균무기를 군사적 목적으로 생산할 능력을 가지고 있으며, 생물무기의 생산능력은 연간 약 1000톤에 이른다. 이들 세균 중 미국을 공포에 떨게 한 탄저균은 국가안보에 위협을 줄 수 있는 최우선 생물학 무기로 알려져 있다. 북한은 연간 1톤의 탄저균 생산능력을 가지고 있으며 필요할 경우 언제든지 배양이 가능하다.

탄저균은 건조된 胞子(포자) 상태를 띄고 있는 데다 취급이 쉬워 최근 북한 및 일부 국가에 확산되고 있는 실정이다. 탄저균의 치사율은 80% 이상, 이틀 안에 50%가 사망하며, 100kg을 인구 밀집지역에 살포하면 무려 100만~300만 명의 사상자를 발생시킬 수 있을 정도로 가장 공포의 대상이 되는 세균무기이다. 이외 천연두 바이러스는 전염률이 매우 높으며, 치사율이 15~40%에 달한다. 콜레라, 이질 등도 전염률이 높으며, 특히 섹시톡신(Saxtoxin)은 감염 후 몇 시간 안에 사망시킬 수 있는 독소에 해당된다.

북한은 1954년 이후 여러 곳의 전문 연구소 및 무인도 실험장에서 관련 연구를 독자적으로 수행, 높은 수준의 기술을 확보했으며, 舊소련 및 일본으로부터 페스트, 콜레라, 탄저균 등 병원균과 세균여과관등 생산시설을 확보하고 재래식 생물학 작용제 생산능력을 갖게 됐다. 또한 黃牛독소, 뱀독 등 천연독소를 생물무기화할 수 있는 능력도 확보한 것으로 알려져 있다.>

한국생명공학연구원이 2011년 발간한 자료에 따르면 북한은 ‘보툴리늄 독소(Botulinum Toxin)’도 보유하고 있는 것으로 나타났다. 독소작용제의 일종인 보툴리늄 독소는 10~100g 만으로도 수만~수십만 명의 사상자를 낼 수 있다. 북한은 마음만 먹으면 자신들이 보유한 소형 무인기에 보툴리늄 독소 100g을 장착해 서울 중심부에 이를 살포할 수도 있다. 그 결과 서울 시민들이 고통스럽게 죽어 가는데 원인규명도 못하는 사태가 벌어질 수도 있다.

가장 최근에 북한의 생화학무기 개발 현황을 자세하게 담은 보고서는 영국의 국제전략문제연구소(IISS)가 2004년 발간한 <북한의 무기 프로그램 평가>이다.

IISS는 한국, 미국, 러시아의 공식입장은 북한이 군사능력의 일부로 화학무기를 개발했고 생물무기도 최소한 연구개발 단계에 있으며, 필요시 생화학무기 생산에 전용할 수 있는 평화적 목적의 시설도 다수 보유하고 있다고 평가했다. 특히 韓美양국군은 북한이 침공이나 보복의 일환으로 군사 및 민간 표적에 대해 야포, 미사일, 비행기 및 非전통적 방법으로 화학무기를 사용할 것으로 상정하고 대응태세를 수립하고 있다고 밝혔다. 

IISS는 북한 입장에서 볼 때 생화학무기의 사용이 전략·전술적으로 가치가 있기 때문에 韓美 양국은 북한이 대량의 생화학무기를 전장에서 사용할 목적으로 기존 재래식 전력과 통합한 상태로 보유하고 있다는 전제 하에 대응태세를 갖춰야 한다고 조언했다.

국가정보원(국정원)의 前身인 국가안전기획부(안기부)는 1992년 10월23일 국감보고에서 “전염병균을 이용한 (북한의) 생물무기 생산능력은 여난 1톤가량 되는 것으로 추정되며, 생물무기의 경우 1kg이하의 극소량으로도 남한 인구 전체를 무력화시킬 정도로 위험하다”고 밝혔다. 안기부는 “북한이 이처럼 생화학무기 개발에 애쓰고 있는 것은 90년대 중반이후 對南 군사우위)의 유지가 어려운 상황이므로 이 같은 군사력 역전현상을 만회하기 위해 경제적 부담이 적지만 대규모 살상이 가능한 생화학무기 개발에 힘써온 것 같다”고 분석했다.

‘三日熱(삼일열) 말라리아’는 예전부터 한국의 풍토병이었다. 다만 1970년대 말부터는 발생사례가 없어 소멸된 것으로 추정됐다. 그런데 1993년 7월에 전방에 근무하는 군인에게서 새로운 발생 사례가 보고됐다. 이후 점차 그 수가 증가하여 2000년에는 4000여 명이 넘는 환자가 보고됐다.

발생지역은 처음에 휴전선 부근에 국한되었지만, 해를 거듭할수록 점차 남쪽으로 넓어졌다. 이렇게 국내의 삼일열 말라리아가 10여 년이 넘게 유행하지 않다가 1990년대 초에 다시금 나타난 원인이 무엇인지는 확실치 않다. 지구 온난화와 관련이 있을 것이라고 하지만 설득력 있는 데이터는 부족하다. 첫 유행이 휴전선 부근에서 시작되었다는 역학적 특성을 들어 일부 학자들은 북한에서 넘어 온 것이라고 추정했다.

생화학무기는 이처럼 증거인멸이 용이하기 때문에 전 세계적인 금지 추세에도 불구하고 심각한 경제난에 직면한 북한은 핵무기와 함께 그 능력을 계속 보유하려 들 것이 분명하다.