月刊朝鮮은 金大中 정권의 對北 불법 송금사건 특종을 연이어 3개나 터뜨렸다. 2002년 5월호에 美 의회 조사국 연구원 래리 닉시가 작성한 韓美관계보고서를 인용해 「현대그룹의 4억 달러 對北 비밀송금說」 기사를 처음 보도했다. 이 보고서에는 현대가 지금까지의 공식지원금 4억 달러 외에 비밀리에 4억 달러를 웃돈으로 주었고, 이 돈이 군사비로 전용되었을지도 모른다는 내용이 들어 있었다.

金成東(김성동) 기자는 『이 기사가 나가기 전까지 金大中 정부는 북한에 단 돈 1원도 준 적이 없다고 말했고, 여당과 일부 신문에서 조선일보와 미국이 의혹을 생산한다는 식의 얘기가 나왔다』고 말했다.

한나라당 嚴虎聲(엄호성) 의원은 月刊朝鮮 기사를 토대로 자체조사를 하여 2000년 4월 산업은행이 현대상선에 4000억원을 변칙대출을 해주었다는 의혹을 2002년 9월 국정감사에서 제기했다. 여기에 전 산업은행장 엄낙용 씨가 산업은행이 현대상선에 4900억 원을 대출하였고, 이게 정권의 압박을 받은 것이라는 증언을 보탰다. 月刊朝鮮의 보도와 嚴虎聲 의원의 변칙대출 의혹제기 및 엄낙용 증언은 결국 현대그룹의 對北송금 의혹사건에 대한 특검으로 이어졌다.

한겨레신문은 2002년 9월27일자 3면에 「한나라 4억 달러 北 지원 주장 어떻게 나왔나」라는 기사를 이렇게 시작했다.

< 엄의원도 26일 국감장에서 月刊朝鮮 5월호를 자료로 들고 나왔지만 지난 3월25일 미국 의회조사국의 래리 닉시 연구원이 내놓은 한미관계 보고서가 그 발단이었다. 月刊朝鮮도 이 보고서를 토대로 「현대는 왜 4억 달러를 비밀리에 주었을까」라는 식으로 4억 달러 비밀 지급을 기정사실화하는 논조를 폈다.>

이 기사는 月刊朝鮮 역사상 처음으로 2002년 12월호에 再수록되었다. 그 달에 현대상선이 2000년 3월 200억원의 비자금을 조성하여 정치권에 배포했다는 특종기사가 터지면서 對北송금 문제가 다시 도마에 올랐기 때문이다.

현대상선 200억 비자금 기사는 權魯甲(권노갑) 前 민주당 고문의 구속과 鄭夢憲(정몽헌) 현대아산 회장에 대한 조사를 불러온 직접적인 계기가 되었다. 宋承鎬(송승호) 기자는 2002년 10월 초에 현대상선 직원으로부터 제보를 받고 취재를 시작했다.

『현대상선이 정치권에 휘둘리는 것을 보다 못한 직원이 月刊朝鮮의 취재력을 믿고 제보한 겁니다. 하지만 자신의 정체가 드러날까 봐 너무 몸조심을 하는 바람에 취재가 상당히 어려웠습니다.』

月刊朝鮮은 연이어 2003년 1월호에 「현대상선 비자금 200억원의 傳票(전표)」를 공개했다. 16代 총선 직전인 2000년 3월3일부터 14일까지 117회에 걸쳐 외국의 거래처에 화물용선료 명목으로 자금을 송금한 것처럼 허위 전표를 꾸민 뒤 이 돈을 제3의 계좌로 보내는 방법으로 비자금을 조성했던 것이다.

月刊朝鮮의 이 보도 때문에 정치권이 아연긴장했다. 국회의원들은 宋承鎬 기자에게 전화를 걸어 『누구에게 얼마가 건너갔느냐』, 『구체적인 명단을 갖고 있는가』, 『명단을 공개할 계획이 있느냐』고 연일 물었다. 한나라당은 이 기사를 인용하여 金大中 정부와 현대그룹과의 커넥션 의혹을 강하게 제기하며 對與 공세를 폈다.

2003년 3월호에 200억원의 구체적인 사용내역에 관한 사법당국의 수사를 촉구하는 기사가 실렸고, 한 달 후 宋斗煥(송두환) 특검팀에서 전표 리스트와 제보자를 소개해 달라는 요청이 왔다. 宋承鎬 기자는 보도된 전표는 제공했으나 제보자는 공개하지 않았다. 특검팀에 의해 전모가 확인되는 듯했으나, 盧武鉉 대통령의 특검 수사기간 연장 거부로 흐지부지되었다.

2003년 8월4일 鄭夢憲 현대아산 회장이 자살했고, 8월14일 權魯甲 前 민주당 고문이 긴급 구속되었다.

2003년 3월호에는 金大中 대통령이 남북 頂上회담 직전 마카오의 조광무역 계좌(북한의 對南공작기관)로 돈을 송금한 사실을 보도했다. 禹鍾昌 기자는 이 제보를 현직 국회의원으로부터 받았다.

『여의도 길바닥에서 약속장소를 세 번이나 바꿀 정도로 보안을 유지했습니다. 내가 받은 건 종이 한 장이었습니다. 그걸 기사로 쓰고 나니까, 현장에 가봐야 할 거 같더군요. 정말 마카오에 조광무역이 있는지 알아보기 위해 현지로 갔죠. 조광무역은 마카오 경찰서 교통국 건물 바로 앞에 있었는데, 마카오 경찰들이 「들어가면 죽는다. 외교관 건물이고 거기 있는 사람들 모두 공작원이다. 우리도 못 들어간다」고 겁을 주더군요』

禹鍾昌 기자는 건물에 비치된 전화번호부를 통해 조광무역이 5층에 있다는 사실을 알았다. 비밀키를 눌러야 들어갈 수 있는 건물이었는데, 누군가가 키를 누를 때 재빨리 엘리베이터에 올라탔다. 5층에 내리니 조광무역이라는 현판이 걸려 있었다. 禹기자는 일단 탈출 때를 대비해 비상구를 알아놓고 사무실 안으로 들어갔다. 오전 9시가 안 된 시각이어서인지 직원들이 안 보였다. 안내데스크까지 들어가서 안을 훑어보고 재빨리 나와서 조광무역 현판을 촬영했다.

『조광무역이 실제로 있는지를 보러 갔다가 실체를 확인한 것이지요. 밖으로 나와서 전화를 하니 북한 말투의 남자가 받더군요. 「나 月刊朝鮮 기잔데 여기까지 왔다. 5억 달러가 조광무역을 통해 평양으로 갔다는데, 당신 입장을 밝혀라」고 얘기하자, 그 남자가 「朝鮮日報 기자와는 얘기하지 않겠다」며 끊더군요』