2005년 8월15일 당시 NSC 상임의장인 정동영(鄭東泳) 당시 통일부 장관은 「북한상선(商船)의 제주해협 통과」를 허용했다.

북한은 정전체제(停戰體制) 무력화를 위해 「NLL(서해북방한계선) 무효화」와 함께 「북한상선의 제주해협 통과」를 주장해 왔다. 그러나 북한은 상선(商船)과 군함(軍艦)이 구별되지 않기 때문에, 이 같은 조치는 정전체제 무력화 뿐 아니라 심각한 안보위협으로 인식돼 왔다.

정부 실무자들 역시 「북한상선 제주해협 통과」 허용이 결국 군함(軍艦)은 물론 잠수함(潛水艦)·군용 항공기 통항 등을 허용하는 것으로 변질될 가능성이 있다고 경고했었다.

鄭 당시 장관은 그 뒤 발간한 【개성역에서 파리행 기차표를】에서 자신이 주변의 완강한 반대를 물리치고 「북한상선 제주해협 통과」를 강행했다는 자술(自述)을 하였다. 일부를 인용해 보자.

《장관급회담 합의를 앞두고 부처 간 회의가 열렸을 때 북측의 제주해협 통과 문제에 관해 참석자 대부분이 부정적이었다.

안보적 관행으로 통과 허용은 시기상조라는 의견과 국방당국의 입장이 완강하다는 이유 등이 거론됐다. 이러한 반대논리는 이해하기 어려운 점이 많았다. 쿠바 국적의 선박도 이라크 국적의 선박도 제주해협을 통과할 수 있는데 유독 북한 국적의 선박만 안 된다는 논리는 합리적으로 설명하기 어려운 대목이었다...

실무 당국자 수준에서는 해답을 찾기 어려웠다. 나는 해군 출신인 윤광웅 국방장관에게 직접 전화를 걸어 문의했다. 다행스럽게도 윤 장관은 제주해협은 제3국 선박에도 無害통항권이 인정되는 지역인 만큼 북측 상선에 대해서도 동등한 권리를 인정할 수 있다는 입장을 전했다.》

지난 5월24일 金泰榮 국방장관은 이렇게 발표하였다.

<우리 정부는 북한 선박의 우리 海域 운항을 전면 불허할 것입니다. 이에 따라 우리 軍은 오늘 5월 24일 이후 북한 선박의 우리 해역 진입을 차단하고, 이에 불응하는 경우에는 강제 퇴거 등의 조치를 취해 나갈 것입니다.
이러한 조치는 북한군이 상선으로 위장하여 우리 영해의 해양정보와 작전환경을 정탐하고, 해상침투용 母船의 기능을 수행하며 잠수함정의 潛航 침투 등을 획책하는 것을 근원적으로 제거하는 데 그 목적이 있습니다.>