1. 李明博 대통령은 安保분야의 최고 자문기관이자, 헌법기관인 국가안전보장회의의 기능을 사실상 마비시켰다는 비판이 강하다.

<헌법 제91조: 제1항 국가안전보장에 관련되는 對外정책, 군사정책과 국내정책의 수립에 관하여 국무회의의 심의에 앞서 대통령의 자문에 응하기 위하여 국가안전보장회의(NSC)를 둔다.
제2항 국가안전보장회의는 대통령이 주재한다.
제3항 국가안전보장회의는 조직, 직무범위 기타 필요한 사항은 법률로 정한다>

아래는 군사평론가 이선호씨가 쓴 글이다.

<국가안보회의의 기능은 계속적이고 전천후적인 국가상황판단, 위협평가, 안보정책수립, 위기관리, 우발상황기획의 5대 기능으로 세계 어느 나라나 공통으로 수행하는 국가최고우선순위의 과제이다. 이명박 정부는 이 방대한 기능을 맡은 사무처를 폐지하고 청와대 외교안부수석 밑에 집어넣어 非상설로 운영토록 하였다.

김대중, 노무현 정권하에서는 국가안보회의 사무처를 대폭강화한 국가안보회의운영규정을 대통령령으로 공포, 안보회의 상임위원회를 만들어 의장이 지명하는 자 즉 통일부장관을 당연직 위원장이 되도록 하여 정부조직법상 서열이 그보다 위인 외무부 및 국방부장관을 제치고 통일원장관이 안보회의를 전횡토록 하여 북한에 퍼다주는 데 전력투구케 제도적으로 보장했던 것이다. 李明博 정부는 안보특보 내지 안보회의 사무처장을 정원에서 없애버림과 동시에 국가안보회의가 필요시에만 형식적으로 열리는 비상설회의가 되도록 하고 보니 국가안보회의 막중한 5大 기능의 작동이 멈추고 말았다.

국가안위에 미치는 중차대한 사태발생에도 국가안보회의가 가동 안 되고 “안보관계장관회의”란 아무른 법적 근거조차 없는 간담회 차원의 회의를 여는 위헌적 처사를 반복하고 있다. 공식 법정회의를 안하게 되면, 정당한 의사결정절차와 책임 그리고 기록이 불성실 불명확해지고 공신력이 없을 뿐만 아니라 정책적 요건을 갖추지 못한 회의결과를 산출하게 되는 것이다.
북한이 연루 안 되었다는 원론적인 접근은 외교적 修辭(수사)이고 실제로는 과감하게 이를 탐색 규명하려는 총력전 차원의 정보 및 첩보활동이 눈에 안보이게 국내외적으로 전개되고 있어야 함에도 천문학적인 인력과 예산을 가진 국정원과 기무사 그리고 정보사는 지금 무엇을 하고 있는지, 대통령 눈치만 보고 있는가?>

2008년 여름 금강산 관광객 피살 사건 때 청와대가 신속하게 대응하지 못한 데 대하여 한겨레신문은 국가안전보장회의 기능의 사실상 폐지를 지적하였다.

<참여정부 시절에는 대통령 직속의 국가안전보장회의 사무처장 겸 안보정책실장 아래에 위기관리비서관이 국가안전보장회의 사무차장과 위기관리센터장을 겸하도록 해, 위기 발생시 ‘위기관리센터장 → 안보정책실장 → 대통령’으로 실시간 보고체계가 갖춰져 있었다. 이 시스템은 외교안보부처간 군웅할거에 따른 문제점을 없애고자 미국 백악관 국가안전보장회의를 본떠 도입했다.
그러나 새 청와대는 국가안전보장회의 체제 대신 외교안보수석 체제로 돌아갔다. 위기관리센터는 대통령 직속에서 대통령실장 소속으로 위상이 한 단계 낮춰져 위기정보상황팀이 됐고, 그나마도 2급 선임행정관을 팀장으로 하는 임시조직으로 운영되고 있다. 한 위기관리 전문가는 “직제에서도 외교안보라인과는 떨어져 있어 붕 뜬 상태나 마찬가지”라고 지적했다>

2. 국가비상기획위원회(國家非常企劃委員會, National Emergency Planning Commission)는 戰時ㆍ사변, 기타 이에 준하는 국가비상사태에 대비하기 위하여 국가안전보장에 관련되는 제반 기획, 통제 및 조정에 관한 사항을 조사, 연구하고 확인하는 업무를 수행하는 국무총리 소속의 중앙행정기관이었다. 그 전엔 대한민국 국가안전보장회의 산하기구였다. 李明博 정부 출범 이후 정부조직법(2008년 2월29일 전부개정, 법률 제8852호) 개정에 따라 행정안전부의 재난안전실 업무로 축소되었다. 과거엔 비상기획위원장이 장차관급이었는데 지금은 실장급이 주관한다.

<2009 을지연습은 8월17일부터 20일까지 行政안전부 주관으로 전국 市郡區 이상의 행정기관과 주요 민간업체 등 4,000여 기관, 40여만 명이 참가한 가운데 이뤄졌다. 국가 비상시 대비 절차를 점검하고 실제상황을 상정한 훈련이었다. 을지연습은 국가비상사태에 대비하여 1968년부터 행정기관 및 주요 민간 업체들이 참여하여 실시하는 국가위기 관리 종합훈련이다.

실제 비상사태가 발생하면 국가비상기획위원회가 행정기관 및 민간부문에 대한 통제를 실시하도록 되어 있었는데, 李明博 정부 출범 직후 이 위원회가 총리 직속에서 행정안전부로 흡수되어 없어졌다. 戰時통제라는 주요하고도 방대한 업무를 한 부처의 한 室이 맡을 수 없다는 것이 국방관계자들의 이야기이다. 李明博 정부의 安保(안보) 輕視(경시)를 보여주는 사례로 꼽힌다>