月刊朝鮮 1998년 8월호는 黃長燁씨가 著書를 통해서 「在獨학자 宋斗律씨는 김철수란 가명을 가진 북한노동당 정치국 후보위원」이라 주장했다고 보도하였다. 宋씨는 직후 黃씨를 상대로 1억원의 손해배상 소송을 제기했다. 한편, 한겨레 신문은 「송두율씨는 김철수와는 무관하다. 독일 주재 한국대사관의 내사 결과 김철수라는 가명을 쓰는 북한공작원은 조선노동당 구라파위원회 위원장 김성수인 것으로 기록되어 있다」는 요지의 보도를 했다. 국정원(당시 원장 李鍾贊)은 1999년 2월23일 서울지방법원에 사실조회 문서를 제출했다.

이 문서에서 국정원은 「송두율이 김철수라는 가명을 사용하고 북한노동당의 정치국 후보위원이라는 사실은 의문의 여지가 없을 정도로 명백함」이라고 썼다.
<이를 뒷받침하는 근거로서 귀순자들의 증언, 외국 정보기관 제공자료 및 각종 첩보 등 수많은 자료가 있으나 보안상 구체적 내용을 일일이 사실조회 회신 성격으로 밝히기 어려움. 정보기관의 활동내용 공개라는 측면에서 바람직하지는 않으나 재판부에서 필요하다고 인정할 경우 검증절차 등 적절한 방법을 이용하여 재판부에 한정 상기 근거자료들을 확인해줄 수 있을 것임. 김철수가 처음 국가정보원에 포착된 것은 82.9 귀순한 이한영이 『김정일로부터 서독에는 조선노동당 구주위원회가 있는데 위원장은 김철수라고 말하는 것을 득문하였다』는 진술부터임. 이후 추적과정에서 김성수를 상기 인물로 추정한 적도 있으나 송두율의 1994년 7월, 1998년 2월 訪北과정에서 입수한 각종 첩보 및 독일 「헌보청」의 동향자료, 귀순자 증언, 황장엽 진술 등을 토대로 실체확인 작업을 재개한 결과 「송두율이 북한노동당 정치국 후보위원인 김철수」라는 사실을 명백히 확인하게 되었음>

2000년 11월3일 국회 정보위원회의 국정감사에서 金銀星 국정원 2차장은 『宋斗律이 북한노동당 정치국 후보위원임이 분명하다』고 거듭 확인하면서 『김철수란 이름은 金日成 장례위원 명단에도 올랐었다』고 말했다.

2003년 가을 노무현 정부 시절 송두율은 해외 민주인사로 대우받으면서 入國하였으나 國情院의 용감한 수사진에 걸려들었다. 수사팀은 방대한 자료를 들이대 송두율로부터 "나는 북한노동당에 가입하였다"는 자백을 받아내 구속 기소하였다. 그는 有罪판결을 받았으나 出國하였다.