참여연대가 주력해 온 활동영역 중 하나는 대한민국 안보시스템 無力化(무력화)이다. 참여연대는 북한의 천안함·연평도 도발을 사실상 감싸는 주장 외에도 정부가 對국민 안보교육 강화에 나서자 강력 반발해왔다.

예컨대 올 3월25일 교육과학기술부와 국방부, 한국교원단체총연합회가 ‘안보교육활성화를 위한 양해각서(MOU)’체결에 나섰다는 보도가 나오자, 참여연대는 같은 날 “군사독재시절을 연상시키는 강압적인 안보교육은 UN아동권리협약에 위반된다”는 논평을 냈다.

단체는 “이러한 안보교육 목적은 ‘교육’의 이름을 빌려 類似(유사)군사훈련을 학생들에게 권장하고, 정부 주장에 의문을 제기하는 이들을 불온시함으로써 왜곡된 애국심, 국가관을 강제하는 데 있다”며 “이 정도면 아동·청소년에 대한 폭력(···)안보교육 강화는 아동·청소년의 인권에 관한 기본근거인 UN아동권리 협약을 명백하게 위반하는 행위”라고 비난했다.

참여연대는 제주해군기지도 맹렬히 반대해왔다. 예컨대 참여연대는 8월18일 민주당·민노당·한국진보연대 등과 ‘제주해군기지건설 저지를 위한 전국대책회의’를 구성, “정부와 해군 그리고 경찰 당국이 제주해군기지 건설사업에 공권력을 투입할 명분과 정당성이 없었다”며 “우리는 제주해군기지 건설을 막아냄으로써 제주도가 한반도와 동북아 나아가 세계 평화에 이바지하는 인류 공동의 자산이 될 수 있도록 모든 노력을 기울일 것”이라고 주장했다.

참여연대는 9월20일 성명에서도 “거대한 빗장과 철조망을 둘러친 초대형 해군기지를 건설하는 것이 과연 대문도, 거지도, 도둑도 없는 제주도의 정신과 전통을 창조적으로 계승하는 길인가?(···)중국을 겨냥해 미군도 이용할 해군전초기지를 건설하는 일이 평화정착을 위한 탈냉전 정상외교의 정신을 이어받고자하는 제주도의 미래인가?”라고 반대에 나섰다.