일본고대사의 正史로 분류되지만 왜곡과 조작이 심한 日本書紀(720년 발간)를 읽어보면 반 이상이 가야, 백제, 신라, 고구려와 관련된 기사이다. 이 책의 집필진은 가야 백제를 자신들의 편으로, 신라를 主敵으로 간주하는 서술방법을 택하고 있다. 신라가 한반도를 통일한 뒤에는 이런 적대감이 한민족에 대한 적대감으로 바뀌어 오늘날 韓日민족감정의 한 축이 형성되는 것이다. 일본 고대사의 가장 큰 수수께끼는 왜 일본 정권이 신라를 그토록 미워하게 되었는가이다. 이 비밀을 탐구하면 고대사의 진실이 드러난다.

日本書紀의 欽明천황 15년12월 기사는 백제 聖王이 신라와 싸우다가 전사하는 장면을 자세히 다룬다. 이런 대목이 있다.

<신라의 장군들이 백제가 지쳐버린 것을 알고 드디어 전멸작전을 하려고 하였다. 그때 한 장군이, '불가하다. 일본의 천황이 任那의 일로 자주 우리나라를 책망하였다. 하물며 또 다시, 백제 관가의 멸망을 계획하면, 반드시 후환을 부를 것이다'라고 말하였다. 그래서 중지하였다>

이 내용은 물론 신라뿐 아니라 백제 가야(任那)를 일본의 속국 수준으로 격하시키기 위한 조작이다. 日本書紀는 신라, 백제, 가야, 고구려가 모두 일본에 조공을 바치는 관계로 설정했다. 일본이 동아시아의 小中華인 것처럼 왜곡했다.

欽明천황 23년7월 기사는 이렇게 말한다.
<신라는 사신을 보내 공물을 바쳤다. 그 사신은 신라가 任那를 멸하였다는 것을 알았으므로 이는 천황의 은혜를 배반하였다는 것을 부끄럽게 여기고 돌아가지 않겠다고 청하였다. 그래서 본토에 돌아가지 않았다. 나라의 백성과 같은 처우를 받았다>

日本書紀는 일본이 가야와 백제를 연합하여 신라를 치게 하려고 했다는 내용을 많이 담고 있다. 이는 사실과 가까울 것이다. 일본서기 편집진과 이 편집진을 지휘한 당시 일본정권은 인맥으로서든지 정책으로서든지 가야 백제와 가까운 이들이었음을 알 수 있다. 그들에게는 신라가 2중의 원수였다. 자신들과 연고가 있는 가야와 백제를 다 멸망시킨 것이 신라였기 때문이다.

日本書紀 欽明천황 23년7월 기사에는 任那를 도와 신라를 치려고 파견되었다가 신라군에게 포로가 된 調吉士(귀화 백제인氏族) 사람에 대한 내용이 있다.
<신라 장군이 칼을 빼어 그를 죽이려고 하였다. 억지로 바지를 벗겨 궁둥이를 내놓고 일본을 향하게 하고 큰 소리로 '일본 대장은 내 엉덩이를 먹어라'고 말하게 하였다. 그는 그런데 큰 소리로 '신라왕은 내 엉덩이를 먹어라'고 했다. 그는 고문을 당하면서도 전과 같이 부르짖었다. 이 때문에 죽었다. 그 아들도 아비의 시신을 안고 죽었다. 그의 처 大葉子 또한 잡힌 몸이 되었다. 슬퍼하여 노래를 불렀다. '한국의 城上에 서서 大葉子가 領巾을 흔드는 것이 보인다. 難波(나니와)를 향해서'>

일본인으로 귀화한 백제인이 일본을 위해 싸우다가 신라군에게 잡혀 고문을 받으면서도 생명을 던져 일본에 충성을 바치고 신라군의 포로가 된 그의 아내는 천황이 있는 難波를 향해서 충성의 깃발을 흔든다. 이런 글을 쓴 사람들이 조국을 신라에게 빼앗겨 돌아갈 고향이 없어진 백제系 일본인이었다면 이해가 간다. 신라와 한민족 전체에 대해 원한을 가진 한반도 도래인들이 오랫동안 일본의 정치를 주도해가면서 일본인의 對韓 적대감으로 고착된 면이 있다.