1962년 10월27일, 미국이 쿠바에 배치된 소련 핵미사일 철거를 요구하면서 쿠바에 대한 해상봉쇄를 하고 있는 가운데 소련 핵 잠수함 B-59호가 미국 함대에 발각되었다. 미국 함정은 폭발력이 약한 폭뢰를 터트렸다. 소련 잠수함은 해상봉쇄에 대하여는 알고 있었으나 물 속에서 본부와 교신을 할 수 없었다. 근처에서 폭뢰가 터지는 충격을 느낀 잠수함 지휘부는 전쟁이 났다고 판단하였으나 본부와 연락을 할 수가 없었다. 함장은 핵어뢰를 발사하기로 하였다.

소련의 교전 규칙은 이런 경우 10kt의 핵어뢰 발사는 고참 장교 3명이 전원 합의로 결정하게 되어 있었다. 세 사람이 토의를 벌이는데 정치장교는 함장의 견해에 동의하였으나 동승하고 있던 점수전단 지휘관 바질리 아르키포프가 반대하였다. 그는 이 잠수함에서 서열 2위였으나 1961년 그린랜드 근해에서 발생한 잠수함 K-19 사고 처리로 유명한 인물이 되어 있었다. K-19호는 핵추진 잠수함인데 냉각시스템이 고장 나서 원자로가 녹아내릴 지경이 되었다. 아르키포프는 7명의 기관요원들에게 방사능 노출을 무릅쓰고 수리 작업을 하도록 명령하였다. 이들의 영웅적 노력으로 수리에 성공, 대재앙을 막았지만 그 뒤 한 달 내로 기관요원 7명은 전원 사망하였다. 2년 내로 15명의 승무원들이 더 죽었다. 이런 아르키모프였기에 핵어뢰 발사 반대를 고집할 수 있었다고 한다. 핵어뢰 발사를 포기한 B-59 잠수함은 해상으로 떠오르지 않을 수 없었다. 미국 함대가 지켜보는 가운데서. 공해상이었으므로 소련 잠수함은 귀환 길에 올랐다. 만약 이때 B-59 가 나가사키 원폭과 거의 맞먹는 폭발력을 가진 핵어뢰를 미 해군 함대를 향하여 발사하였더라면 미소 간에 핵전쟁이 일어났을지 모른다. 이 사실은 쿠바 미사일 사건 40년 뒤에 밝혀졌다. 아르키모프는 1998년 72세에 죽었다. 死後에 핵전쟁을 막은 사람으로 알려지게 되었다. 그의 사망원인도 방사능 노출이라고 한다.

1962년 9월8일 소련은 극비리에 쿠바에 R-12 중거리 미사일을 반입했다. 사정거리는 2000km, 매가톤급 수소폭탄을 실을 수 있는 미사일이었다. 사정거리 4500km짜리 미사일도 들어올 계획이었다. 미 합참은 쿠바 미사일은 전략적 균형을 바꿀 정도라고 평가하였지만 맥나마라 국방장관은 동의하지 않았다. 당시 미국은 약5000개의 전략 핵무기를 가지고 있었는데 소련은 300개밖에 되지 않았다. 40개가 더 쿠바에 배치된다 한들 균형을 무너뜨릴 정도는 아니라고 보았다.
10월26일 미군은 데프콘 2를 발령했다. B-52 전략 폭격기는 핵폭탄을 싣고 하늘에서 대기하였다. B-47 중거리 폭격기는 여러 비행장으로 분산되어 출동 명령을 기다렸다. 1436대의 전략 폭격기중 8분의 1이 공중 대기 상태에 들어갔다. 145기의 대륙간탄도탄 미사일이 발사 명령을 기다리는 태세에 돌입하였다. 145대의 핵무장한 요격기도 비상 대기 상태였다. 흐루시초프의 결단으로 소련은 11월20일까지 42기의 미사일과 일류신 폭격기들을 쿠바에서 철수시켰다.

1992년에 밝혀진 바로는 해상봉쇄 당시 쿠바에 있던 소련군은 100개 정도의 전술핵을 가지고 있었다. 대포와 폭격기로 이를 사용할 수 있었다. 케네디 미국 대통령은 쿠바 미사일을 제거하기 위하여 쿠바 상륙작전도 계획했다. 소련군은 핵탄두 탑재 미사일뿐 아니라 100개의 전술핵을 가지고 있었으므로 미국이 공습을 하든지 침공을 하였더라면 소련군은 이를 사용하였을 가능성이 있다. 현지 소련군 사령관은 미군의 전면적 침공 時 모스크바로부터 지휘를 받지 않고도 핵 발사를 결정할 권한이 있었다.

미국은 당시 소련의 전술핵 배치를 몰랐다. 철수 대상 리스트에도 들지 않았다. 흐루시초프는 이 전술핵을 쿠바에 넘겨 주어 달래보려 했다. 쿠바의 카스트로 수상을 설득하러 간 미코얀은 카스트로의 심리 상태가 불안정한 것을 눈치 채고는 100개의 전술핵을 넘기면 큰 문제가 생길 것이라고 판단하였다. 여러 시간의 설득 끝에 카스트로는 전술핵에 대한 미련을 접었다. 1962년 12월 전술핵은 선편으로 소련을 향하여 떠났다