노무현 정권 들어 발족한 ‘민주화운동 관련자 명예회복 및 보상심의위원회’(위원장 하경철, 이하 민보상위)는 2006년 3월 남민전 관련자 29명을 민주화 운동 관련자로 인정했다.

민보상위는 신청자 33명 가운데 李學永(이학영, 2012년 민주통합당 대표경선 출마자), 金南柱(김남주, 시인, 1994년 2월13일 사망)와 그의 부인 朴光淑(박광숙), 李銖日(이수일, 前전교조 위원장), 任俊烈(임준열, 필명 임헌영, 現민족문제연구소장), 權五憲(권오헌, 現민주화실천가족운동협의회 양심수 후원회 회장) 등의 행위를 유신체제에 항거한 것으로 판단하고, 민주화운동 관련자 인정 결정을 내렸다.

민보상위는 이들이 고위 공직자 집에 침입해 금도끼와 패물을 훔친 ‘봉화산 작전’과 최원식 前동아건설 회장 집을 털려다 붙잡힌 ‘땅벌사건(작전)’, 중앙정보부의 자금줄로 생각한 금은방 보금장을 털려고 했던 ‘GS작전’, 그리고 예비군 훈련장에서 카빈소총 1정을 화장실 창을 통해 軍부대 밖으로 빼돌린 총기밀반출사건도 모두 민주화운동으로 인정했다.

남민전 사건 관련자 중 洪世和(홍세화, 現진보신당 대표)와 李在伍(이재오) 새누리당(舊한나라당) 의원 등은 신청을 하지 않아 심의대상에 포함되지 않았다.

민보상위는 2006년 9월 추가로 여타의 남민전 관련자 42명을 민주화운동 관련자로 인정하고, 朴錫律(박석률), 尹寬德(윤관덕), 林圭映(임규영) 등에 대해서는 각각 5천만 원씩을, 崔錫鎭(최석진, 안철수 서울대 교수의 ‘멘토’로 알려진 승려 法輪의 親兄)에 대해서는 상이보상금을 지급키로 결정했다.