연평도 포격 다음 날인 2010년 11월 24일 긴급 소집된 국회 국방위원회에서 김학송 당시 한나라당 의원이 “천안함 폭침 사태의 주범으로 지목됐던 김격식이나 김영철이 이번에도 주범으로 지목됐는데 맞느냐”고 묻자 김태영 당시 국방부 장관(사진)은 “저희가 정보를 더 확인할 필요가 있다”고 답했다. 23일 통일부는 김 전 장관의 이 답변을 ‘폭침 주범 미확인론’의 근거로 제시했다. 국방부 역시 “배후가 김영철이라고 공식 결론을 내리거나 조사 결과에 반영된 적이 없다”고 밝혔다.

김 전 장관은 동아일보와의 통화에서 당시 발언에 대해 “김영철로 단정할 수 없다는 뜻은 아니다. 북한의 전체적인 (의사결정) 시스템을 볼 때 정찰총국장에 있는 김영철을 주범으로 추정할 수 있었다”며 통일부와 다른 설명을 했다고 동아일보가 보도하였다. 김 전 장관은 이어서 “북한이 ‘누가 했다’고 밝히지 않는 한, 우리는 조사 결과를 바탕으로 추정할 뿐이다. 그렇다고 해서 (김영철 외에) 다른 주범이 있을 것이라고 본 것이 아니며, 김영철이 내려오면 기자가 직접 ‘당신 (천안함 사건의) 주범이냐’고 확인해 보라”고 말했다는 것이다.

2010년 5월 21일 국방부의 외신 기자회견에서도 황원동 당시 국방부 국방정보본부장은 “과거 아웅산 테러, 대한항공기 폭파 전례로 볼 때 (폭침 주도 기관은) 정찰총국일 가능성이 큰 것으로 본다”고 밝혔다. 2014년 10월 15일 판문점에서의 남북 군사당국자 접촉에 나온 김영철에게 우리 당국이 김영철을 천안함 폭침 책임자로 지목하지 않은 게 주범이란 확실한 근거가 없었기 때문이라는 취지의 통일부 설명에 대하여는 당시 접촉에 관여한 한 관계자가 “접촉의 의제가 서해 북방한계선(NLL) 충돌 문제였기 때문에 김영철을 천안함과 관련해 지목할 분위기가 아니었다”고 전했다고 한다. 동아일보에 따르면, 천안함 피격 당시 해군 수뇌부 중 한 명이던 예비역 장성은 “당시 해군 수뇌부들은 그 정보를 근거로 천안함 피격 배후를 이론 없이 김영철이라고 생각했는데 하루아침에 이를 뒤집는 정부의 행태를 이해할 수 없다”고 비판했다.